V biologii se pojem kolonie vztahuje k skupině organismů stejného druhu, žijících pohromadě na určitém území a sdílejících stejné prostředí. Tento fenomén se vyskytuje u široké škály organismů, od bakterií až po vyšší živočichy. Zaujímavé je, že i bakterie, při vhodných podmínkách, mohou tvořit mnohobuněčná těla, formující makroskopické struktury, jako jsou stromatolity. Studie bakteriálních kolonií nám poskytují cenné poznatky o základních principech interakce mezi živými bytostmi, a to i mezi příbuznými a nepříbuznými druhy. Například výzkumy na bakteriálních konsorciích ukazují fascinující vztahy spolupráce i konkurence. Kolonie se chovají téměř jako jednotlivé organismy, s individuálními charakteristikami a reakcemi na vnější podněty. Mladé kolonie jsou často zranitelnější než kolonie zralé, a jejich interakce s jinými koloniemi se mění od přímé konkurence až po komplexní formy spolupráce, které jsou často nezbytné pro přežití v náročném prostředí.
V historii se kolonie označovala i za závislé území nebo města, které sice patřila k určitému státu, ale neměly vlastní vládu. Tento pojem je úzce spjat s kolonializací, kdy silnější státy ovládají a využívají území a zdroje jiných národů, často s devastujícím dopadem na místní populace. V 19. století měly v koloniální expanzi velkou roli například britské kolonie. Zároveň existovaly a existují i kolonie v rámci území moderních států, v širším kontextu politické závislosti, obvykle s omezenou autonomií.
Dnes se termín kolonie používá v širším kontextu. Může se vztahovat na skupinu jedinců nebo soubor entit, které společně tvoří funkční celek, například hospodářsky závislé území. V biologii však i dnes představuje kolonie významné společenství pro studium základních biologických procesů.
Proces dekolonizace je důležitý pro porozumění historickému vývoji mezinárodních vztahů. Postupně se koloniální mocnosti vzdávaly svých území a umožňovaly vznik nových, nezávislých států. Tento proces však často probíhal se značnými problémy a dodnes má vliv na mezinárodní politické scéně.
V biologii se kolonie projevují nejen v oblasti mikroorganismů, ale i u vyšších živočichů, jako jsou kolonie korálů nebo ptáků. Historicky a politicky je tento pojem spjat s rozvojem moci, konflikty a dekolonizačními hnutími. Dnešní interpretace pojmu je širší a sahají až k vztahům v ekonomice, ale i vzájemné interakci organismů v ekosystémech. Uvědomění si komplexního významu a různých aspektů kolonií je klíčové pro hlubší pochopení biologických a společenských jevů.